Els ecosistemes aquàtics continentals tenen una importància cabdal per a les persones i per al planeta, subministrant valuosos serveis ecosistèmics relacionats amb els aliments, l’aigua, l’energia hidràulica o els seus valors recreatius. Representen una petita superfície enfront els ecosistemes terrestres però són excepcionals per la seva biodiversitat. Tot i la seva importància, la majoria d’aquests ecosistemes es troben molt degradats degut tant a la modificació del règims dels cabals, la pèrdua de connectivitat o la canalització dels rius i la alteració de llacs i zones humides com a la contaminació orgànica i química i a l'extracció d’aigua.

En aquesta línia estudiem els ecosistemes aquàtics continentals amb especial atenció als peixos autòctons i el seu estat de conservació. Així mateix, seguim les espècies invasores, les seves vies d’entrada i els seus impactes per evitar el augment de les seves poblacions. També estudiem la situació dels hàbitats aquàtics i els seus impactes i volem proposar mesures de gestió i de restauració dels ecosistemes fluvials i aquàtics.